Есть свежий сайт, ещё без региональной привязки. Есть новая внутренняя страница на сайте, без единой внешней ссылки. Страница попала в выдачу сегодня ночью. Т.о. никакой «старой» выдачи нет и быть не может (никаких кэшей пробивать не нужно). Есть 4 взаимодополняющих 2-3—словных низкоконкурентных запроса, по которым проверяются позиции в Яндексе в выдаче для Москвы и Санкт-Петербурга.
В результате имеем следующие позиции: в Москве 4 первых места, а в Санкт-Петербурге только 3 первых места и одно 8-е.
Вывод: поиск Яндекса не гомоморфен. Если проще, то рандомизация выдачи местами присутствует 
Popularity: 10% [?]
хм. а как на счет бонуса для новичков ? ну и неплохо было бы на контент взглянуть, ибо имхо таки нет там рандомизации.
Причём тут бонус новичка и контент? Страница одна и та же, внешних ссылок нет, к региону привязки нет ни у сайта, ни у запросов. Падение по одному из запросов в Питере булевой алгеброй не объясняется – нельзя над множествами провести операции пересечения или объединения так, чтобы три раза элементы множеств шли в одном порядке, а на четвёртый – в другом. К слову, в Питере контрольный сайт обогнали москвичи. А на первом месте вообще 404.
А рандомность появляется не от того, что её сознательно запрограммировали, а от того, что система работает непредсказуемым образом.